Rozdziały 1–3: Samotna Mary i przyjazd do Misselthwaite

Mary Lennox przyjeżdża do Misselthwaite Manor po śmierci rodziców w epidemii cholery. Na początku powieści poznajemy jej dzieciństwo w Indiach: rodzice byli zajęci sobą, a dziewczynka wychowywała się bez ciepła, pod opieką hinduskiej Ayah. W efekcie Mary stała się dzieckiem samolubnym, rozkapryszonym i przyzwyczajonym do tego, że wszyscy spełniają jej polecenia. Gdy w Indiach wybucha cholera, umiera Ayah, służba wpada w popłoch, a Mary zostaje sama w pustym domu. Dopiero po pewnym czasie odnajdują ją angielscy oficerowie. Dowiaduje się wtedy, że rodzice zmarli i że musi zamieszkać u wuja Archibalda Cravena.

Pobyt u rodziny pastora i późniejsza podróż do Anglii pokazują, że Mary nie umie jeszcze dostosować się do nowych warunków. W domu pastora drażnią ją dzieci, a w czasie podróży i po drodze do Yorkshire z obojętnością słucha opowieści o ponurym, zamkniętym w sobie wuju. Pani Medlock wyjaśnia jej, że Misselthwaite Manor to ogromny, stary dom na skraju wrzosowiska, a wuj jest samotny, zgorzkniały i nie chce nikogo widywać. Mary jedzie więc do miejsca, które wydaje jej się dziwne i nieprzyjazne.

Po przyjeździe trafia do wielkiego domu pełnego zamkniętych pokojów i długich korytarzy. Już pierwszej nocy poznaje surowe zasady panujące w Misselthwaite: ma się trzymać z dala od wielu części domu i nie spotykać się z panem Cravenem. Drzwi do jej pokoju, ciężkie korytarze i chłód domu podkreślają jej poczucie osamotnienia. Następnego dnia rozmawia z Martą, młodą służącą z Yorkshire, która mówi prosto, swobodnie i bez uniżoności. Mary jest tym zaskoczona, bo w Indiach służba zachowywała się zupełnie inaczej. W rozmowie z Martą dowiaduje się, że pan Craven nie mieszka w domu stale i że w Misselthwaite jest także ogród zamknięty od dziesięciu lat po śmierci pani Craven. Wieczorem Mary po raz pierwszy słyszy tajemniczy płacz dochodzący z domu. Jeszcze nie wie, skąd pochodzi, ale ziarno ciekawości zostaje w niej zasiane.

Rozdział trzeci kończy się przyjazdem Mary do domu wuja. Dziewczynka pozostaje w pustym, ogromnym miejscu, które budzi w niej niepokój, ale też zaczyna pobudzać wyobraźnię. Zaczyna dostrzegać, że w nowym otoczeniu istnieją rzeczy ukryte, zamknięte i czekające na odkrycie.