Rozdziały 21–27: Powrót pana Cravena i odrodzenie domu

W końcowej części powieści zmiany obejmują już nie tylko ogród, lecz cały dom i rodzinę. Colin nadal codziennie ćwiczy, chodzi do ogrodu, oddycha świeżym powietrzem i rośnie w siłę. Razem z Mary, Dickiem i Benem buduje nowy rytm dnia: pracują w ogrodzie, rozmawiają, śmieją się, a także śpiewają. Tajemniczy ogród staje się miejscem zdrowia i radości. Każdy z bohaterów wnosi do niego coś swojego: Mary – zapał i wyobraźnię, Dick – znajomość natury i pogodę, Ben – doświadczenie ogrodnika, Colin – energię i wiarę w zmianę.

Wreszcie nadchodzi moment ujawnienia prawdy. Pan Craven, który od lat podróżował po Europie, żyjąc w smutku po śmierci żony, przeżywa w podróży szczególny spokój i otrzymuje list od Zuzanny Sowerby. W liście kobieta radzi mu, by wrócił do domu. Archibald Craven wraca więc do Misselthwaite. Najpierw jednak dociera do niego wieść, że Colin nie jest już tym samym chorym dzieckiem. Gdy idzie do tajemniczego ogrodu, słyszy śmiech i bieganie. Drzwi otwierają się, a z ogrodu wybiegają Mary i Colin. Ojciec przytrzymuje syna, gdy ten wpada na niego w biegu. Po latach ujrzał chłopca wysokiego, rumianego, zdrowego i pewnego siebie. Colin mówi mu, że jest zdrowy, że ogród, Mary, Dick, zwierzątka i czary sprawiły tę przemianę.

Pan Craven nie potrafi od razu zareagować słowami. Wprowadza syna do ogrodu i słucha jego opowieści. Colin opowiada o całej tajemnicy: o zamkniętym ogrodzie, kluczu, ptaku, pracy nad roślinami, ćwiczeniach, wspólnych „czarach” i o tym, jak stopniowo zaczął chodzić. To najbardziej wzruszający moment powieści. Ojciec po raz pierwszy naprawdę patrzy na syna i widzi, że chłopiec jest żywy, silny i pełen energii. Potem całe towarzystwo spotyka się z Zuzanną Sowerby, która przychodzi do ogrodu. Ona także wzrusza się widokiem Mary i Colina, błogosławi ich i traktuje jak własne dzieci. Pan Craven stopniowo odzyskuje spokój, przestaje uciekać od domu i zaczyna wracać do rodziny.

Ostatni rozdział podkreśla sens przemiany: Mary, Colin i Archibald Craven nie są już samotni. Ogród, który wydawał się martwy, okazał się miejscem życia, a wraz z nim odżyły więzi rodzinne. Dom, dawniej pełen zamkniętych drzwi i smutku, otwiera się na ruch, śmiech i światło. Zakończenie przynosi więc nie tylko uzdrowienie Colina, lecz także odrodzenie całego Misselthwaite Manor.