Rozdziały 8–14: Dick, Colin i tajemnica w domu

W kolejnych rozdziałach ogród zaczyna się zmieniać, a razem z nim zmienia się Mary. Dziewczynka coraz częściej pracuje w ukrytym miejscu i coraz bardziej interesuje się roślinami. Gdy opowiada Marcie, że chciałaby mieć własny ogród, ta podsuwa jej pomysł kupienia narzędzi i nasion. Dick, sprowadzony przez Mary listem, przynosi łopatkę, grabie, motyczkę i paczki nasion. To pierwszy przedmiot, który Mary dostaje naprawdę jako własny prezent. Zaczyna też skakać na skakance, biegać i nabiera sił. Jest już zdolna do dłuższych spacerów i pracy w ziemi.

Najważniejszym odkryciem tego etapu jest jednak spotkanie z Dickiem. Chłopiec przychodzi do ogrodu, bo Mary napisała do niego list. Jest prosty, pogodny, dobrze zna wrzosowisko i zwierzęta, a ptaki i małe stworzenia przychodzą do niego bez lęku. To właśnie Dick tłumaczy Mary, które rośliny żyją, a które uschły, i pomaga jej ocenić stan drzew i krzewów w ogrodzie. Zaczyna też mówić o Colinie, chorym synu pana Cravena, który mieszka w zamkniętej części domu. Mary wcześniej słyszała tajemniczy płacz i w końcu odkrywa, że dochodził on właśnie z pokoju Colina.

Mary nocą odnajduje jego pokój i poznaje chłopca, który uważa, że jest bardzo chory i że wkrótce umrze. Colin jest zamknięty, rozkapryszony, lękliwy i przekonany, że ma garb oraz że nikt go nie lubi. Mary i Colin rozmawiają w ukryciu o tajemniczym ogrodzie, a potem dziewczynka opowiada mu o roślinach, wiośnie i Dicku. Colin, słuchając jej, zaczyna pragnąć wyjść do ogrodu. Ich rozmowa kończy się tym, że Mary obiecuje wrócić. Następnego dnia Colin i Mary zaczynają spędzać razem czas, a Mary wraca do niego nawet po kłótni. Chłopiec stopniowo przestaje się bać, odzyskuje apetyt i daje się uspokoić. To także moment, gdy Mary i Dick zaczynają myśleć o wspólnym wyprowadzaniu Colina na świeże powietrze. Tajemnica ogrodu rozszerza się więc na całą trójkę dzieci.

W tym samym czasie Archibald Craven nadal przebywa poza domem. Jego żal po śmierci żony pozostaje źródłem zamknięcia ogrodu i chłodu w domu. Jednak relacja Mary z Colinem, a także z Dickiem, pokazuje, że w domu zaczyna dziać się coś nowego: zamiast samotności pojawia się wspólnota, a zamiast lęku – ciekawość i nadzieja.