Po raucie u Rzeżuchowskich Wokulski wraca do domu w stanie skrajnego rozbicia. Przez kilka dni po wypadku z Molinariem i po ujawnieniu rozmowy panny Izabeli ze Starskim nie robi nic, nie interesuje się interesami, prawie nie wychodzi z mieszkania. Leży bez sił, wpatruje się w ściany i popada w apatię. Dopiero rozmowy z sobą samym oraz z Szumanem przynoszą pewną zmianę. Doktor stwierdza, że Wokulski nie jest zdrowy, i mówi mu o „neurastenii”. Wokulski przyznaje, że chce zapomnieć, ale nie umie przestać myśleć o Izabeli.
W tym czasie zaczyna czytać i analizować dawne zainteresowania: książki, rysunki, obliczenia chemiczne. Stopniowo odzyskuje zdolność myślenia. Oglądanie ilustracji, obliczanie działań i doświadczenia z wodorem pomagają mu odzyskać spokój. W jego umyśle pojawia się też nowy punkt oparcia: nauka i praca nad wynalazkiem Geista. Jednocześnie coraz wyraźniej widzi, że jego dawna miłość do Izabeli była złudzeniem. Zaczyna uważać pannę Łęcką za kobietę z innego świata, a własne cierpienie za obłęd.
Ważnym momentem jest rozmowa z Szumanem, który rozwija przed nim pesymistyczny obraz ludzi. Wokulski słucha, początkowo opiera się, ale w końcu przyznaje, że Szuman może mieć rację. Doktor mówi, że Wokulski powinien wybrać nowy cel i przestać żyć dawnym uczuciem. Po tej rozmowie Wokulski przechodzi kolejny etap przemiany: z jednej strony czuje ulgę, z drugiej pozostaje rozdarty. Zaczyna myśleć o wyjeździe za granicę i o pracy naukowej.
W tym samym czasie Rzecki również choruje i coraz bardziej martwi się o Wokulskiego. Gdy dowiaduje się, że Wokulski wyjechał z Moskwy do Odessy, a potem dalej w podróż do Indii, Chin, Japonii i Ameryki, nie umie uwierzyć w tak nagłą decyzję. Szuman tłumaczy mu, że Wokulski jest człowiekiem zniszczonym przez romantyczne złudzenia. Rzecki jednak nadal wierzy, że Stach żyje i kiedyś wróci.
W międzyczasie Wokulski sporządza testament. Rozdaje majątek: dużą sumę zapisuje Ochockiemu, pieniądze daje Rzeckiemu, Helenie Stawskiej, Węgiełkowi, Wysockim i dawnym ludziom, którzy byli mu bliscy. Ten akt wywołuje niepokój i plotki, ale dla Wokulskiego jest logicznym rozporządzeniem majątkiem przed wyjazdem. Rzecki dowiaduje się o tym z dokumentów i jeszcze bardziej utwierdza się w przekonaniu, że Wokulski żyje i działa gdzieś w świecie.
Najważniejszą wiadomością staje się list od Węgiełka z Zasławka. Opisuje on, że zamek został wysadzony i częściowo zburzony, a krzyż z napisem „Non omnis moriar…” ma upamiętniać, że Wokulski ocalał. Rzecki początkowo uznaje to za dowód życia Stacha. Szuman jednak twierdzi, że Wokulski zginął, a list tylko odnosi się do wydarzeń w Zasławiu. Rzecki nie chce w to wierzyć, lecz z czasem także sam zaczyna się niepokoić.
Równolegle rozgrywają się wydarzenia w domu Rzeckiego i w sklepie. Szlangbaum przejmuje coraz większą władzę, a sklep staje się dla starego subiekta obcym miejscem. Rzecki czuje się upokorzony, gdyż ludzie Szlangbauma podejrzewają go o złodziejstwo. Wreszcie dochodzi do sceny, po której Rzecki postanawia odejść. Pisze listy do pani Stawskiej i do Lisieckiego, myśląc o stworzeniu własnego małego interesu. Zaraz potem podczas pracy przy sklepowej wystawie doznaje ataku serca, traci przytomność i umiera. Przed śmiercią wracają do niego wspomnienia całego życia – wojny, sklep, Wokulski, dawna Warszawa.
Na końcu pojawiają się osoby przy łóżku zmarłego: Szuman, Ochocki, Szlangbaum, Węgrowicz i Szprot. Doktor, patrząc na ciało, nazywa Rzeckiego „ostatnim romantykiem”. Ochocki odnajduje przy nim list Węgiełka z łacińskim zdaniem „Non omnis moriar…”, które staje się symbolicznym podsumowaniem życia starego subiekta. Tak kończy się jego pamiętnik, a zarazem cała opowieść o Wokulskim i jego świecie.