Po uczcie wybucha wojna. Witołd zdradza Zakonu i dokonuje napadów na krzyżackie zamki, a Zakon podejmuje wielką wyprawę przeciw Litwie. Kolejne miesiące przynoszą pożogę, głód i zniszczenie. Konrad prowadzi wyprawę na Litwę, ale nie działa tak, jak oczekiwaliby bracia zakonni. Długo oblega Wilno, nie korzysta z okazji do szybkiego rozstrzygnięcia, a gdy wojsko głoduje i traci siły, sam pozostaje bierny. W rezultacie Krzyżacy ponoszą klęskę. Wracają do Maryjenburga zniszczeni, zmarznięci i głodni. Konrad przyprowadza do miasta resztki wojska, a lud rozpoznaje w ich twarzach całkowitą porażkę.
Wraz z klęską rośnie podejrzenie wobec mistrza. W podziemnej sali zbiera się tajny trybunał zakonu, złożony z dwunastu sędziów w maskach. Oskarżają Konrada o fałsz, zabójstwo, herezję i zdradę. Mówią, że nie jest prawdziwym Wallenrodem, lecz człowiekiem, który przyjął to imię po zaginionym rycerzu. Przywołują jego wcześniejsze dzieje, służbę u Niemców, tajne rozmowy z Witołdem i kontakt z pustelnicą. Sędziowie nie wydają rozbudowanego wyroku – tylko jednomyślnie wypowiadają słowo „biada” i podnoszą miecze. Oznacza to skazanie Konrada na śmierć.
W ostatniej części bohater biegnie do wieży Aldony, by pożegnać ukochaną i powiedzieć, że jego zemsta się spełniła. Wyjaśnia, że „zdołał trafić w serce stugłowej poczwary”, czyli osłabić Zakon, ale jednocześnie czuje znużenie zdradą i mordem. Marzy o wspólnym życiu z Aldoną w Litwie, z dala od świata, wśród lasów i pustyni. Aldona odpowiada jednak, że nie może zejść z wieży, bo złożyła ślub samotności. Proponuje, by pozostali sobie bliscy tylko duchowo, a nie na ziemi. Ich rozmowa kończy się rozpaczą: Konrad nie może jej ocalić, Aldona nie może do niego wrócić.
Gdy do wieży zbliża się oddział Zakonu, Konrad wypija truciznę. Wyznaje otwarcie, że sam spowodował zgubę tysięcy ludzi i że zniszczył potęgę wroga. Umiera, a w tej samej chwili rozlega się krzyk z wieży – to Aldona kona, słysząc jego śmierć. Finał utworu jest tragiczny: oboje giną, choć ich losy są związane z ofiarą dla ojczyzny i z miłością, której nie udało się ocalić. Halban pozostaje jedynym świadkiem i strażnikiem pamięci o czynie Konrada.
Bohaterowie i problematyka