W dalszej części utworu Konrad, już jako mistrz Zakonu, obejmuje władzę i publicznie wzywa braci do surowości oraz odnowy obyczajów. Zamiast planów wojennych mówi o pokucie, postach i cnocie. Bracia oczekują wielkiej wojny przeciw Litwie, ale przez długi czas nic się nie dzieje. Zakon trwa w pozornym spokoju, a Konrad coraz częściej znika nocami. Chodzi nad jezioro i rozmawia z pustelnicą z narożnej wieży. To właśnie tam rozwija się wątek jego dawnej miłości.
Pieśń z wieży ujawnia historię Aldony. Była córką Kiejstuta, wychowaną w dostatku i spokoju. Gdy poznała Waltera, młodego rycerza, zaczęła marzyć o innym świecie, o Bogu, aniołach, świętym życiu i o miłości. Walter, noszący na piersi krzyż, wzbudził w niej uczucie i tęsknotę za czymś większym niż litewskie życie. Jednak dla niego miłość i wspólne szczęście przestały wystarczać, gdy powróciła pamięć o ojczyźnie. Ich rozmowy pod wieżą pełne są wspomnień, wyrzutów i bólu. Konrad wyjaśnia, że poświęcił szczęście osobiste, aby wypełnić ciężkie zadanie wobec narodu. Aldona z kolei wyznaje, że przyszła do wieży, bo chciała jeszcze raz zobaczyć ukochanego, choćby tylko z daleka.
W kolejnych rozmowach widać, że oboje są związani, lecz oddzieleni przez obowiązek. Konrad mówi o własnym cierpieniu, o zemście, o tym, że myśli o Aldonie nawet wtedy, gdy ważą się losy narodu. Ona wspomina, że w klasztorze chciała jedynie żyć obok niego, słyszeć jego głos i zachować wspomnienie. Jednocześnie Konrad coraz mocniej poddaje się myśli o wojnie i zdradzie jako jedynym sposobie walki z Zakonem. Ich spotkania kończą się pożegnaniem: Aldona zostaje w wieży jako pustelnica, a Konrad odchodzi, by wypełnić plan, który ma przynieść Litwie ocalenie.
W tej części ujawnia się też rola Halbana. To on podtrzymuje w Konradzie pamięć o Litwie, wzmacnia jego gniew i kieruje go ku zemście. Halban nie jest tylko śpiewakiem – staje się strażnikiem narodowej pamięci. Pieśni, które śpiewa, przywołują obraz ojczyzny, dawnych dziejów i zagrożenia ze strony Niemców. Spotkania Konrada z Aldoną pokazują natomiast konflikt między prywatnym uczuciem a obowiązkiem wobec ojczyzny. To właśnie ten konflikt prowadzi akcję ku dalszym wydarzeniom.