Po kłótni z Becky i po kolejnych szkolnych zgryzotach Tomek wybiega z domu z myślą o ucieczce. Dołącza do niego Joe Harper, który również uważa, że jest źle traktowany przez rodzinę. Chłopcy postanawiają zostać piratami. Zjawia się też Huck Finn. Trzej chłopcy wybierają wyspę Jacksona jako miejsce obozu. W nocy kradną jedzenie i spotykają się nad rzeką, po czym na tratwie płyną na wyspę. Tam rozpalają ognisko, smażą słoninę, jedzą kukurydzę i marzą o życiu piratów. Czują się wolni i dumni. Przez chwilę naprawdę wierzą, że porzucili cywilizację na zawsze. Następnego dnia kąpią się, łowią ryby, eksplorują wyspę i cieszą się własną niezależnością. Potem zaczynają tęsknić za domem, ale Tomek podtrzymuje ich na duchu opowieściami o pirackiej chwale.
W tym samym czasie całe miasteczko uznaje, że chłopcy utonęli. Ich nieobecność wzbudza rozpacz, a nawet własne pogrzebowe wspomnienia. Tomek wykorzystuje to później w wielkim geście powrotu. Wcześniej jednak trzeba opisać zdarzenie najważniejsze: nocną wyprawę na cmentarz. Tomek i Huck, uzbrojeni w zdechłego kota i pełni zabobonów, idą o północy na cmentarz, by sprawdzić czary na brodawki. Ukrywają się przy grobie Hossa Williamsa. Nagle pojawiają się trzy postacie: Muff Potter, pół-Indianin Joe i młody doktor Robinson. Przybyli po ciało zmarłego. Dochodzi do sprzeczki o zapłatę. Joe jest upokorzony przez doktora i mści się: w czasie bójki doktor uderza Pottera wiekiem od trumny, Potter chwyta nóż, ale to Joe wpycha ostrze w pierś doktora. Potem Joe wmawia Potterowi, że to on zabił, i wkłada mu nóż do ręki. Chłopcy uciekają przerażeni.
Na drugi dzień całe miasteczko uważa Pottera za mordercę. Tomka i Hucka dręczą wyrzuty sumienia, ale boją się mówić, bo Joe wydaje im się diabłem. Kiedy Potter zostaje aresztowany, Tomek i Huck nadal go odwiedzają i przynoszą mu drobiazgi, choć wiedzą, że jest niewinny. Oboje są świadkami, jak Joe składa fałszywe zeznania, a sąd niemal skazuje Pottera. Z czasem Tomek zaczyna chorować z lęku i wyrzutów sumienia. W tym samym okresie z Becky pogarsza się kontakt; chłopiec jest przygnębiony, a jego myśli coraz częściej wracają do cmentarza. To właśnie tu następuje pierwsze prawdziwe zetknięcie dziecięcych przygód z poważną zbrodnią i odpowiedzialnością.