Po rozpoczęciu nauki w gimnazjum w Klerykowie Marcin Borowicz zostaje wciągnięty w codzienny rytm szkoły, która ma podporządkować uczniów rosyjskiej administracji. Życie gimnazjalistów wyznaczają lekcje, kontrole, kary i obowiązek posługiwania się językiem rosyjskim. Uczniowie czują presję ze strony nauczycieli oraz przełożonych, którzy dbają nie tylko o poziom nauki, ale przede wszystkim o polityczne posłuszeństwo.
Jednym z najważniejszych elementów tej części utworu jest pokazanie mechanizmów rusyfikacji. W szkole usuwa się wszystko, co polskie, a na pierwszym planie stawia się lojalność wobec caratu. Nauczyciele wymagają od uczniów podporządkowania, a za przejawy nieposłuszeństwa grożą upokorzenia lub kary. Młodzi chłopcy, choć początkowo zainteresowani głównie nauką, zabawą i pozycją w klasie, stopniowo doświadczają, że szkoła staje się narzędziem wynaradawiania.
Marcin wchodzi w kolejne szkolne relacje. Ważne są dla niego kontakty z kolegami, rywalizacja o dobre oceny oraz potrzeba zdobycia uznania. W tym okresie nie myśli jeszcze w pełni samodzielnie o patriotyzmie, ale jego świadomość zaczyna się zmieniać pod wpływem sytuacji w klasie i obserwacji zachowań innych uczniów. Dotyczy to także tych, którzy próbują zachować polskość, choć często robią to potajemnie i ostrożnie.
Ważną postacią szkolnego świata jest profesor Sztetter – nauczyciel niemieckiego pochodzenia, chłodny, zdystansowany i lojalny wobec systemu. Obok niego występują inni nauczyciele, reprezentujący twardy aparat szkolny. Ich metody opierają się na dyscyplinie i bezwzględnym egzekwowaniu wymagań. Uczniowie odczuwają, że ich indywidualność nie ma znaczenia. Liczy się jedynie podporządkowanie.
W tej części powieści szczególne znaczenie ma również Andrzej Radek. Jego droga do nauki jest trudniejsza niż droga Marcina, ponieważ pochodzi z biedniejszego środowiska i sam musi walczyć o miejsce w szkole. Mimo trudności Radek nie rezygnuje z ambicji. Dzięki pracowitości zdobywa coraz większy szacunek, a jego postawa kontrastuje z bierną uległością wielu uczniów. Stanowi przykład człowieka, który potrafi się przeciwstawić upokorzeniu.
Codzienność w Klerykowie pokazuje także, że system rusyfikacyjny nie działa wyłącznie przez otwarte zakazy. Ważne są tu również przyzwyczajenie, strach i osłabianie więzi między młodymi ludźmi. Żeromski ukazuje, jak szkoła próbuje odebrać uczniom własny język i pamięć historyczną, a zarazem jak rodzi się w nich opór, początkowo słaby i ukryty. Marcin jeszcze nie jest w pełni świadomy swojej roli, ale już zaczyna dostrzegać fałsz szkolnego świata.